ミニ四駆が大好きな烈と豪は、空力を最大限に利用したフルカウルマシン、ソニックセイバーとマグナムセイバーを土屋博士から手渡される。 そんなふたりの前に現れたリョウと藤吉も、フルカウルマシンの持ち主だった。 それぞれタイプは違うがミニ四駆を愛するもの同士。スプリングカップ地区予選を闘いながら、しだいに友情を深めていく。 そんなある日、ミニ四駆に速さだけを求める大神博士が、烈と豪を自分の研究所に招く。 研究所の中の噴火口をめぐるコースでは、たくさんのマシンが大神博士の研究のため、ひどい扱いを受けていた。 怒りに燃えた爆走兄弟は、博士の挑戦を受けて、Ｊの操るプロトセイバーＪＢと対決する!!

噴火口での壮絶バトル!!プロトセイバーＪＢの爆風に吹き飛ばされて、２台のセイバーは超高熱のマグマの中に墜落してしまう。 その頃、土屋博士は新マシンを開発するＶプロジェクトに取り組んでいた。
烈と豪は、新しいマシン、バンガードソニックとビクトリーマグナムを土屋博士から授かるが、セイバーを失ったショックは大きい。 しかし、藤吉が開いたレースでみごとに立ち直り、ＪＢとのバトルに勝利する。
これをきっかけにＪは土屋博士のもとへやってくる。
そんな時、Ｖマグナムが謎のマシンに斬りつけられる。 沖田カイが操るそのマシン、ビークスパイダーはサマーレースに出場し、決勝戦でトライダガーＸをずたずたに切り裂いてしまう。

岡田鉄心の助けをかりてリョウのマシンはよみがえり、トライダガーＺＭＣが誕生。 新マシンを携えたリョウ、烈と豪は、大神博士が開くバトルレースに参加。 Ｖマグナムが優勝候補ブロッケンＧを退けて、Ｖソニックがゴール。 しかし、沖田カイたちの挑戦を受けて地獄の谷コースで戦い、突然現れた土方レイのレイスティンガーがＶマグナムとＶソニックを攻撃。 マグナムは砕かれてしまう。Ｊの協力を得て、豪は新マシン製作に取り組み、サイクロンマグナムが完成。
その闘いぶりに烈はあせりを感じるが、苦悩の末に究極の空力マシン、ハリケーンソニックを完成させる。
そして、Ｊの新マシン、プロトセイバーＥＶＯとともにスーパーグレートジャパンカップに挑む!!